Foi construída por índios domesticados e escravos vindos da África nos porões dos navios negreiros no inicio do século XVI, época em que também vieram colonos portugueses para colonizar a nova terra. Terras onde hoje é o atual Município de Água Fria, eram habitadas por índios tapuias, cuja aldeia foi encontrada por Padres da Companhia de Jesus – Jesuítas – que, encantados com a fertilidade de suas terras e abundância de água e densa floresta, aqui se instalaram em meados de junho de 1562, razão pela qual, escolheram como Padroeiro São João Batista, iniciaram a catequese dos índios e iniciaram também a construção da Igreja que ainda hoje domina a paisagem e impressiona pela imponência.